डेटा को प्री-प्रोसेस करें

R में limma के साथ Differential Expression Analysis

John Blischak

Instructor

डॉक्सोरूबिसिन-प्रेरित कार्डियोटॉक्सिसिटी का मेकैनिज़्म

डॉक्सोरूबिसिन के मेकैनिज़्म के लिए 2x2 डिज़ाइन:
- 2 जीनोटाइप: वाइल्ड टाइप (wt), Top2b नल (top2b)
- 2 ट्रीटमेंट: PBS (pbs), doxorubicin (dox)
- Zhang et al. 2012

dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")

R में limma के साथ Differential Expression Analysis