S4:s roll i Bioconductor

Introduktion till Bioconductor i R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

Positivt

CRAN, enkelt men kraftfullt
Flexibelt och interaktivt
Använder en generisk funktion
Funktionalitet beror på det första argumentet
Exempel: plot() och methods(plot)

Negativt

Dåligt på att validera typer och namnkonventioner (punkt eller inte?)
Arv fungerar, men beror på indata

S4

Positivt

Formell klassdefinition
Återanvändbarhet i Bioconductor
Validering av typer
Namnkonventioner

Exempel: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

Negativt

Mer komplex struktur jämfört med S3

S4 eller inte?

Kontrollera om ett objekt är S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

str för S4-objekt börjar med Formal class

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

S4-klassdefinition

En klass beskriver en representation

name
slots (metoder/fält)
contains (arvsdefinition)

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

Objektsammanfattning

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

Nu kör vi en övning!

Introduktion till Bioconductor i R