Kvalitetsbedömning av flera sekvenser parallellt

Introduktion till Bioconductor i R

Paula Andrea Martinez, PhD.

Data Scientist

Rqc

library(Rqc)

Använder Bioconductor-paket som du redan känner till:
- Biostrings, IRanges, methods, S4vectors
Nya paket att utforska i kommande Bioconductor-kurser:
- Rsamtools, GenomicAlignments, GenomicFiles, BiocParallel
CRAN-paket:
- Knitr, dplyr, markdown, ggplot2, digest, shiny och Rcpp

rqcQA

library(Rqc)
files <- # ange den fullständiga sökvägen till filerna du vill analysera
qaRqc <- rqcQA(files) 

# utforska qaRqc
class(qaRqc) # "list"
names(qaRqc) # namn på indatafilerna

# för varje fil
qaRqc[1]
# resultatet har klassen RqcResultSet

Argument för rqcQA

library(Rqc)

# ange sökvägen till filerna du vill analysera
files <- "data/seq1.fq" "data/seq2.fq" "data/seq3.fq" "data/se4.fq"

qaRqc <- rqcQA(files, workers = 4)

# urval av sekvenser
set.seed(1111)

qaRqc_sample <- rqcQA(files, workers = 4, sample = TRUE, n = 500))

# parade endefiler
pfiles <- "data/seq_11.fq" "data/seq1_2.fq" "data/seq2_1.fq" "data/seq2_2.fq"

qaRqc_paired <- rqcQA(pfiles, workers = 4, pair = c(1, 1, 2, 2)))

rqcReport och rqcResultSet

# skapa en rapport
reportFile <- rqcReport(qaRqc, templateFile = "myReport.Rmd")

browseURL(reportFile)

# klassen för qaRqc är rqcResultSet
methods(class = "RqcResultSet")

perFileInformation

qaRqc <- rqcQA(files, workers = 4)) 
perFileInformation(qaRqc)

filename          pair format  group  reads total.reads   path 
SRR7760274.fastq  1    FASTQ    None  1e+06     2404795 ./data
SRR7760275.fastq  2    FASTQ    None  1e+06     1508139 ./data
SRR7760276.fastq  3    FASTQ    None  1e+06     1950463 ./data
SRR7760277.fastq  4    FASTQ    None  1e+06     2629588 ./data

Plotfunktioner

rqc-plotfunktioner	rqc-plotfunktioner
`rqcCycleAverageQualityPcaPlot()`	`rqcGroupCycleAverageQualityPlot()`
`rqcCycleAverageQualityPlot()`	`rqcReadQualityBoxPlot()`
`rqcCycleBaseCallsLinePlot()`	`rqcReadQualityPlot()`
`rqcCycleBaseCallsPlot()`	`rqcReadWidthPlot()`
`rqcCycleGCPlot()`	`rqcReadFrequencyPlot()`
`rqcCycleQualityBoxPlot()`	`rqcCycleQualityPlot()`

cykel-basanrops-linjediagram

KEEP CALM

Du är redo!

Introduktion till Bioconductor i R