The Bioconductor Project

Introduktion till Bioconductor i R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Bioconductor

Bioconductor

1 Bioconductor (www.bioconductor.org)
Introduktion till Bioconductor i R

Vad mäter vi och varför?

  • Struktur: element, regioner, storlek, ordning, relationer

structure-parts

  • Funktion: uttryck, nivåer, reglering, fenotyper

function

Introduktion till Bioconductor i R

Hur installerar man Bioconductor-paket?

  • Bioconductor har ett eget paketförråd och en egen installationsmetod
# Install BiocManager
install.packages("BiocManager")

# Install the GenomicRanges package
BiocManager::install("GenomicRanges")
Introduktion till Bioconductor i R

Bioconductor-version och paketversion

# Load BiocManager
library(BiocManager)


# Check Bioconductor version
version()
Introduktion till Bioconductor i R

Kontrollera paketversioner

# Load GenomicRanges
library(GenomicRanges)


# Check versions for reproducibility
sessionInfo()
Introduktion till Bioconductor i R

Paketuppdateringar

# Check for package updates
valid()
Introduktion till Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

Introduktion till Bioconductor i R

Preparing Video For Download...