Introduktion till biologin bakom genomiska datamängder

Introduktion till Bioconductor i R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Organismer från livets riken

DNA-delar

Genomets beståndsdelar

Genetisk information – DNA-alfabetet
En uppsättning kromosomer (antal varierar kraftigt)
Gener (bär ärftlighetsinstruktioner)
- kodande och icke-kodande
Proteiner (ansvarar för specifika funktioner)
- DNA till RNA (transkription)
- RNA till protein (translation)

Jäst

En encellig mikroorganism
Den svamp som människor älskar ♥
Används vid jäsning: öl, bröd, kefir, kombucha, bioremediering m.m.
Namn: Saccharomyces cerevisiae eller S. cerevisiae

Jäst

BSgenome-annoteringspaket

# Load the package and store data into yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Other available genomes
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

Hämta sekvenser

getSeq(): S4-metod för BSgenome

# Select entire genomic sequence
getSeq(yeast)


# Select sequence from chromosome M
getSeq(yeast, "chrM")


# Select first 10 base pairs
getSeq(yeast, end = 10)

Nu kör vi en övning!

Introduktion till Bioconductor i R