เหตุใดเราจึงสนใจรูปแบบ?

Bioconductor เบื้องต้นใน R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

รูปแบบลำดับ

Bioconductor เบื้องต้นใน R

รูปแบบช่วยค้นหาอะไรได้บ้าง?

  • จุดเริ่มต้นของยีน
  • จุดสิ้นสุดของโปรตีน
  • บริเวณที่กระตุ้นหรือยับยั้งการแสดงออกของยีน
  • บริเวณที่อนุรักษ์ไว้ระหว่างสิ่งมีชีวิต
  • ความแปรปรวนทางพันธุกรรม
Bioconductor เบื้องต้นใน R

การจับคู่รูปแบบ

  • Biostrings มีฟังก์ชันสำหรับการจับคู่รูปแบบ

  • matchPattern(pattern, subject)

    • สตริง 1 ตัว กับ สตริง 1 ตัว

  • vmatchPattern(pattern, subject)

    • สตริง 1 ชุด กับ สตริง 1 ตัว
    • สตริง 1 ตัว กับ สตริงหลายตัว
Bioconductor เบื้องต้นใน R

พาลินโดรม

never odd or even

findPalindromes() # find palindromic regions in a single sequence
Bioconductor เบื้องต้นใน R

ชีววิทยาที่ไม่ใช่เรื่องใหม่

  • รหัสพันธุกรรมได้รับการอธิบายครั้งแรกโดย Nirenberg ในปี 1963 On the coding of genetic information Nirenberg, Marshall et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1963, 28

  • วิธีที่การแปลรหัสอาจแตกต่างกันตามเฟรมการอ่าน ได้รับการอธิบายครั้งแรกโดย Streisinger ในปี 1966 Frameshift Mutations and the Genetic Code Streisinger, George et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1966, 31: 77-84

Bioconductor เบื้องต้นใน R
# Original dna sequence
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC

# 6 possible reading frames, DNAStringSet
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 1     
[2]    30 GGCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 1     
[3]    29  CATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 2     
[4]    29  GCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 2     
[5]    28   ATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 3     
[6]    28   CTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 3

# 6 possible translations, AAStringSet
[1]    10 TWAYHGSYEA                                 + 1     
[2]    10 GFVAPMVGPC                                 - 1     
[3]     9 HGPTMGATK                                  + 2
[4]     9 AS*LPW*AH                                  - 2
[5]     9 MGLPWELRS                                  + 3
[6]     9 LRSSHGRPM                                  - 3
Bioconductor เบื้องต้นใน R

บริเวณที่อนุรักษ์ไว้ในไวรัสซิกา

บล็อกไวรัสซิกา ภาพดัดแปลงจาก From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus Wang, Lulan et al. Cell Host & Microbe 2016, Vol 19 5: 561-565

ข้อเท็จจริง

  • ไวรัสซิกามีจีโนมแบบสายบวก
  • พบในมนุษย์ ลิง และยุง
  • อยู่ในตระกูล Flaviviruses และมีโปรตีนที่อนุรักษ์ไว้ 11 ตัว
Bioconductor เบื้องต้นใน R

มาฝึกค้นหารูปแบบกันเถอะ!

Bioconductor เบื้องต้นใน R

Preparing Video For Download...