Sequence Ranges

Bioconductor เบื้องต้นใน R

Paula Andrea Martinez, PhD.

Data scientist

IRanges ด้วยอาร์กิวเมนต์ตัวเลข

# Loading IRanges
library(IRanges)

ช่วง (range) กำหนดด้วย start และ end

myIRanges <- IRanges(start = 20, end = 30)
myIRanges

IRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
   start       end     width
<integer> <integer> <integer>
[1]   20        30        11

(myIRanges_width <- IRanges(start = c(1, 20), width = c(30, 11)))

 IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
         start       end     width    
      <integer> <integer> <integer>
[1]         1        30        30       
[2]        20        30        11

(myIRanges_end <- IRanges(start = c(1, 20), end = 30))

 IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
         start       end     width    
      <integer> <integer> <integer>
[1]         1        30        30       
[2]        20        30        11

สมการ: width = end - start + 1

Rle - run length encoding

Rle ย่อมาจาก Run length encoding
คำนวณและจัดเก็บ lengths และ values ของเวกเตอร์หรือแฟกเตอร์
Rle คือ S4 container ทั่วไปสำหรับจัดเก็บเวกเตอร์ซ้ำยาวอย่างมีประสิทธิภาพ

(some_numbers <- c(3, 2, 2, 2, 3, 3, 4, 2))

3 2 2 2 3 3 4 2

(Rle(some_numbers))

numeric-Rle of length 8 with 5 runs
Lengths: 1 3 2 1 1
Values : 3 2 3 4 2

IRanges ด้วย logical vector

IRanges(start = c(FALSE, FALSE, TRUE, TRUE))

 IRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
      start       end     width
  <integer> <integer> <integer>
[1]       3         4         2

IRanges ด้วย logical Rle

gi <- c(TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, TRUE, TRUE, TRUE)
myRle <- Rle(gi)

logical-Rle of length 7 with 3 runs
Lengths:     2     2     3
Values :  TRUE FALSE  TRUE

IRanges(start = myRle)

IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
         start       end     width
      <integer> <integer> <integer>
[1]         1         2         2
[2]         5         7         3

สรุป

IRanges เป็นโครงสร้างข้อมูลแบบลำดับชั้นที่รองรับ metadata

วิธีสร้างออบเจ็กต์ IRanges:

ระบุ start, end หรือ width เป็น numeric vector (หรือ NULL)
ระบุอาร์กิวเมนต์ start เป็น logical vector หรือ logical Rle object
- Rle ย่อมาจาก Run length encoding และจัดเก็บข้อมูลได้อย่างมีประสิทธิภาพ
- อาร์กิวเมนต์ของ IRanges รองรับการ recycle (เติมค่าที่ขาด)
- สมการของ sequence range: width = end - start + 1

มาฝึกกันเถอะ!

Bioconductor เบื้องต้นใน R