แนะนำชีววิทยาของชุดข้อมูลจีโนมิกส์

Bioconductor เบื้องต้นใน R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

สิ่งมีชีวิตในอาณาจักรของสิ่งมีชีวิต

ส่วนประกอบของ DNA

องค์ประกอบของจีโนม

ข้อมูลทางพันธุกรรม อักษรรหัส DNA
ชุดโครโมโซม (จำนวนแตกต่างกันมาก)
ยีน (บรรจุคำสั่งทางพันธุกรรม)
- coding และ non-coding
โปรตีน (รับผิดชอบหน้าที่เฉพาะ)
- DNA ไปยัง RNA (transcription)
- RNA ไปยังโปรตีน (translation)

ยีสต์

จุลินทรีย์เซลล์เดียว
เชื้อราที่ผู้คนชื่นชอบ ♥
ใช้ในการหมัก: เบียร์ ขนมปัง คีเฟอร์ คอมบูชา การบำบัดทางชีวภาพ ฯลฯ
ชื่อ: Saccharomyces cerevisiae หรือ S. cerevisiae

ยีสต์

แพ็กเกจ annotation BSgenome

# Load the package and store data into yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Other available genomes
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

ดึงลำดับ (sequence)

getSeq(): เมธอด S4 สำหรับ BSgenome

# Select entire genomic sequence
getSeq(yeast)


# Select sequence from chromosome M
getSeq(yeast, "chrM")


# Select first 10 base pairs
getSeq(yeast, end = 10)

มาฝึกกันเถอะ!

Bioconductor เบื้องต้นใน R