Чому нас цікавлять патерни?

Вступ до Bioconductor в R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

патерни послідовностей

Вступ до Bioconductor в R

Що можна знайти за патернами?

  • Початок гена
  • Кінець білка
  • Ділянки, що підсилюють або приглушують експресію генів
  • Консервативні ділянки між організмами
  • Генетичні варіації
Вступ до Bioconductor в R

Пошук патернів

  • Biostrings надає функції для пошуку патернів

  • matchPattern(pattern, subject)

    • 1 рядок до 1 рядка

  • vmatchPattern(pattern, subject)

    • 1 набір рядків до 1 рядка
    • 1 рядок до набору рядків
Вступ до Bioconductor в R

Паліндроми

ніколи парне чи непарне

findPalindromes() # знайти паліндромні ділянки в одній послідовності
Вступ до Bioconductor в R

Не нова біологія

  • Генетичний код уперше описав Ніренберґ у 1963 році On the coding of genetic information Nirenberg, Marshall et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1963, 28

  • Як трансляція залежить від рамки зчитування, вперше описав Штрайзінґер у 1966 році Frameshift Mutations and the Genetic Code Streisinger, George et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1966, 31: 77-84

Вступ до Bioconductor в R
# Початкова ДНК-послідовність
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC

# 6 можливих рамок зчитування, DNAStringSet
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 1     
[2]    30 GGCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 1     
[3]    29  CATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 2     
[4]    29  GCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 2     
[5]    28   ATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 3     
[6]    28   CTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 3

# 6 можливих трансляцій, AAStringSet
[1]    10 TWAYHGSYEA                                 + 1     
[2]    10 GFVAPMVGPC                                 - 1     
[3]     9 HGPTMGATK                                  + 2
[4]     9 AS*LPW*AH                                  - 2
[5]     9 MGLPWELRS                                  + 3
[6]     9 LRSSHGRPM                                  - 3
Вступ до Bioconductor в R

Консервативні ділянки у вірусі Зіка

блоки зіка Адаптована ілюстрація From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus Wang, Lulan et al. Cell Host & Microbe 2016, Vol 19 5: 561-565

Факти

  • Вірус Зіка має геном позитивної нитки
  • Живе у людей, мавп і комарів
  • Родина Flaviviruses, спільні 11 консервативних білків
Вступ до Bioconductor в R

Давайте потренуємось у пошуку патернів!

Вступ до Bioconductor в R

Preparing Video For Download...