Проєкт Bioconductor

Вступ до Bioconductor в R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Bioconductor

Bioconductor

1 Bioconductor (www.bioconductor.org)
Вступ до Bioconductor в R

Що і навіщо ми вимірюємо?

  • Структура: елементи, ділянки, розмір, порядок, зв'язки

structure-parts

  • Функція: експресія, рівні, регуляція, фенотипи

function

Вступ до Bioconductor в R

Як встановлювати пакети Bioconductor?

  • У Bioconductor є власне сховище та спосіб встановлення пакетів
# Install BiocManager
install.packages("BiocManager")

# Install the GenomicRanges package
BiocManager::install("GenomicRanges")
Вступ до Bioconductor в R

Версія Bioconductor і версія пакета

# Load BiocManager
library(BiocManager)


# Check Bioconductor version
version()
Вступ до Bioconductor в R

Перевірка версій пакетів

# Load GenomicRanges
library(GenomicRanges)


# Check versions for reproducibility
sessionInfo()
Вступ до Bioconductor в R

Оновлення пакетів

# Check for package updates
valid()
Вступ до Bioconductor в R

Давайте потренуємось!

Вступ до Bioconductor в R

Preparing Video For Download...