Вступ до біології геномних наборів даних

Вступ до Bioconductor в R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Організми царств живої природи

DNA_parts

Елементи геному

Генетична інформація: алфавіт ДНК
Набір хромосом (кількість дуже варіює)
Гени (містять спадкові інструкції)
- кодувальні й некодувальні
Білки (забезпечують функції)
- ДНК → РНК (транскрипція)
- РНК → білок (трансляція)

Дріжджі

Одноклітинний мікроорганізм
Гриб, який люди люблять ♥
Використовують у ферментації: пиво, хліб, кефір, комбуча, біоремедіація тощо
Назва: Saccharomyces cerevisiae або S. cerevisiae

Дріжджі

Пакет анотацій BSgenome

# Імпортуйте пакет і збережіть дані у yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Інші доступні геноми
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

Отримання послідовностей

getSeq(): метод S4 для BSgenome

# Виберіть усю геномну послідовність
getSeq(yeast)


# Виберіть послідовність з хромосоми M
getSeq(yeast, "chrM")


# Виберіть перші 10 пар основ
getSeq(yeast, end = 10)

Давайте потренуємось!

Вступ до Bioconductor в R