The parallel package - parApply

Effektiv R-kod

Colin Gillespie

Jumping Rivers & Newcastle University

Paketet parallel

apply() liknar en for-loop
- Vi applicerar en funktion på varje rad/kolumn i en matris
En matris med 10 kolumner och 10 000 rader:

m <- matrix(rnorm(100000), ncol = 10)

res <- apply(m, 1, median)

Läs in paketet
- Ange antalet kärnor
- Skapa ett klusterobjekt
- Byt till parApply()
- Stoppa!

library("parallel")

copies_of_r <- 7

cl <- makeCluster(copies_of_r)

parApply(cl, m, 1, median)

stopCluster(cl)

Som Lewis Carroll sa:

Ju mer jag skyndar, desto mindre hinner jag.

# Seriell version
apply(m, 1, median)

# Parallell version
parApply(cl, m, 1, median)

Effektiv R-kod