Hur hittar jag flaskhalsen?

Effektiv R-kod

Colin Gillespie

Jumping Rivers & Newcastle University

Kodprofilering

Grundidén är att:

Köra koden
Var några millisekunder registrera vad som körs just då
Rprof() ingår i R och gör exakt detta
- Krånglig att använda
Använd profvis i stället

IMDB-datamängd

Från paketet ggplot2movies

data(movies, package = "ggplot2movies")
dim(movies)

58788    24

Dataram: ungefär 60 000 rader och 24 kolumner
Varje rad motsvarar en specifik film

Braveheart

braveheart = movies[7288,]

Year	Length	Rating
1995	177	8.3

Exempel: Braveheart

# Load data
data(movies,
     package = "ggplot2movies")
braveheart <- movies[7288,]
movies <- movies[movies$Action==1,]

plot(movies$year, movies$rating,
     xlab = "Year", ylab = "Rating")

# local regression line
model <- loess(rating ~ year,
               data = movies)
j <- order(movies$year)
lines(movies$year[j],
      model$fitted[j],
      col = "forestgreen")

points(braveheart$year,
       braveheart$rating,
       pch = 21,
       bg = "steelblue")

Profvis

RStudio har inbyggt stöd för profilering med profvis
- Markera koden du vill profilera
- Profile -> Profile Selected lines

Kommandoraden

library("profvis")

profvis({

data(movies, package = "ggplot2movies") # Load data
braveheart <- movies[7288,]
movies <- movies[movies$Action == 1,]
plot(movies$year, movies$rating, xlab = "Year", ylab="Rating")
model <- loess(rating ~ year, data = movies) # loess regression line
j <- order(movies$year)
lines(movies$year[j], model$fitted[j], col="forestgreen", lwd=2)
points(braveheart$year, braveheart$rating,
     pch = 21, bg = "steelblue", cex = 3)

})

Vilken rad tror du är långsammast?

Nu kör vi en övning!

Effektiv R-kod