DESeq2-modellen – kontraster

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2-arbetsflöde

DESeq2-arbetsflöde – LFC-krympning

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-arbetsflöde

# Run analysis 
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing
RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2 negativ binomialmodell

NB-modell

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2 negativ binomialmodell

NB-modell 2

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-kontraster

results(wt_dds, alpha = 0.05)

kontrastutdata

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-kontraster

Syntaxen är:

results(dds, 
        contrast = c("condition_factor", "level_to_compare", 
        "base_level"), 
        alpha = 0.05)

wt_res <- results(dds_wt, 
            contrast = c("condition", "fibrosis", 
            "normal"), 
            alpha = 0.05)
RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-kontraster

wt_res

kontrastutdata

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2 LFC-krympning

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))

MA-plot okrympta foldchanges

RNA-Seq med Bioconductor i R

LFC-krympning

wt_res <- lfcShrink(dds_wt, 
            contrast=c("condition", "fibrosis", "normal"),
            res=wt_res)

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))
RNA-Seq med Bioconductor i R

LFC-krympning

MA-plot krympta foldchanges

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...