DESeq2-modellen

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2-modellen

DE-teori

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-modellen – samband mellan medelvärde och varians

# Syntax for apply()
apply(data, rows/columns, function_to_apply)

# Calculating mean for each gene (each row)
mean_counts <- apply(wt_rawcounts[, 1:3], 1, mean)

# Calculating variance for each gene (each row)
variance_counts <- apply(wt_rawcounts[, 1:3], 1, var)
RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-modellen – spridning

Visualisering av sambandet mellan medelvärde och varians: 

# Creating data frame with mean and variance for every gene
df <- data.frame(mean_counts, variance_counts)

ggplot(df) +
        geom_point(aes(x=mean_counts, y=variance_counts)) + 
        scale_y_log10() +
        scale_x_log10() +
        xlab("Mean counts per gene") +
        ylab("Variance per gene")
RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-modellen – spridning

samband mellan medelvärde och varians

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-modellen – spridning

$Var$: varians

$\mu$: medelvärde

$\alpha$: spridning

Spridningsformel: $Var = \mu + \alpha * \mu^{2}$

Samband mellan medelvärde, varians och spridning:

$$\uparrow variance \Rightarrow \uparrow dispersion$$

$$\uparrow mean \Rightarrow \downarrow dispersion$$

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-modellen – spridning

# Plot dispersion estimates
plotDispEsts(dds_wt)

Spridningsplot

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-modellen – spridning

dåliga_spridningsplottar

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...