Översikt över DE-analysen

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Granska datamängden och frågeställningen

fibrosis_experiment

RNA-Seq med Bioconductor i R

Översikt över DE-analysen

DESeq2-arbetsflöde

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-arbetsflöde – modell

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-arbetsflöde: Modell

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

DESeq-objekt

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-arbetsflöde: Designformel

exempelmetadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-arbetsflöde: Designformel

exempelmetadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-arbetsflöde: Körning

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

DESeq-objekt

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...