Normalisering av räkningar

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

workflow-normalization

RNA-Seq med Bioconductor i R

Normalisering av räkningar

norm_methods

RNA-Seq med Bioconductor i R

Normalisering av sekventeringsdjup

norm_methods

RNA-Seq med Bioconductor i R

norm_methods

RNA-Seq med Bioconductor i R

Effekt av bibliotekssammansättning

RNA composition - normalization

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-normalisering

median of ratios example

RNA-Seq med Bioconductor i R

Normaliserade räkningar: beräkning

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

size factors

RNA-Seq med Bioconductor i R

Normaliserade räkningar: extrahering

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

normalized_counts

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...