Differentiell expressionsanalys

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

RNA-Seq med Bioconductor i R

Differentiell expressionsanalys: DESeq2-vignett

vignette(DESeq2)

DESeq2 vignette

RNA-Seq med Bioconductor i R

utforska vignett

RNA-Seq med Bioconductor i R

DESeq2-arbetsflöde

RNA-Seq med Bioconductor i R

Läsa in data till DESeq2

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

fibrosis wt counts

RNA-Seq med Bioconductor i R

Läsa in data till DESeq2: metadata

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

fibrosis wt metadata

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...