Sammanfattning av RNA-Seq DE-analys

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

arbetsflöde

RNA-Seq med Bioconductor i R

RNA-Seq prep

RNA-Seq med Bioconductor i R

QC

RNA-Seq med Bioconductor i R

RNA-Seq-arbetsflöde: Kvalitetskontroll av rådata

Sekvenskontaminering

RNA-Seq med Bioconductor i R

Sekvensanpassning

RNA-Seq med Bioconductor i R

RNA-Seq-arbetsflöde: Sekvensanpassning

Sekvensanpassning2

RNA-Seq med Bioconductor i R

Kvantitering

RNA-Seq med Bioconductor i R

RNA-Seq-arbetsflöde: Kvantitering

räkningar

RNA-Seq med Bioconductor i R

Fullständigt arbetsflöde

RNA-Seq med Bioconductor i R

Förberedelse för differentiell expressionsanalys: DESeq2-objekt

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

räkningsdata

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...