RNA-Seq-arbetsflöde

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

RNA-Seq-arbetsflöde: Experimentell design

  biologiska replikat

  • Tekniska replikat: Teknisk variation är generellt låg, varför dessa sällan behövs.

  • Biologiska replikat: Avgörande för framgångsrika RNA-Seq-analyser av differentiellt uttryck. Fler replikat är alltid bättre – ha minst 3.

  • Batcheffekter: Minimera i möjligaste mån och notera alla experimentella variabler.

RNA-Seq med Bioconductor i R

arbetsflöde

RNA-Seq med Bioconductor i R

RNA-Seq-beredning

RNA-Seq med Bioconductor i R

Kvalitetskontroll

RNA-Seq med Bioconductor i R

RNA-Seq-arbetsflöde: Kvalitetskontroll

Sekvenskvalitet

RNA-Seq med Bioconductor i R

Alignering

RNA-Seq med Bioconductor i R

RNA-Seq-arbetsflöde: Alignering

Alignering mot genom

RNA-Seq med Bioconductor i R

Kvantiering

RNA-Seq med Bioconductor i R

RNA-Seq-arbetsflöde: Räknematris

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Räknematris

RNA-Seq med Bioconductor i R

Fullständigt arbetsflöde

RNA-Seq med Bioconductor i R

Exempelresultat

RNA-Seq med Bioconductor i R

Fullständigt arbetsflöde

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...