Oövervakade klustringsanalyser

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Instructor

DESeq2-arbetsflöde – QC

RNA-Seq med Bioconductor i R

Oövervakade klustringsanalyser: logaritmisk transformation

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq med Bioconductor i R

exempel på heatmap

RNA-Seq med Bioconductor i R

Hierarkisk klustring med korrelationsheatmaps

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

korrelationsmatris

RNA-Seq med Bioconductor i R

Hierarkisk klustring med korrelationsheatmaps

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq med Bioconductor i R

Hierarkisk klustring med korrelationsheatmaps

heatmap för vildtyp

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...