Principalkomponentanalys

RNA-Seq med Bioconductor i R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

PCA-exempel

RNA-Seq med Bioconductor i R

Principalkomponentanalys (PCA): Teori

PCA 2 prover

RNA-Seq med Bioconductor i R

Principalkomponentanalys (PCA): Teori

PC2

RNA-Seq med Bioconductor i R

Principalkomponentanalys (PCA): Teori

PC-påverkan

RNA-Seq med Bioconductor i R

Principalkomponentanalys (PCA): Teori

PCA-påverkan

RNA-Seq med Bioconductor i R

Principalkomponentanalys (PCA): Teori

PCA-påverkan

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5
RNA-Seq med Bioconductor i R

PCA-provvärden

RNA-Seq med Bioconductor i R

PCA-exempel

RNA-Seq med Bioconductor i R

Principalkomponentanalys (PCA): Teori

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

RNA-Seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

RNA-Seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...