ภาพรวมของการวิเคราะห์ DE

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

ทบทวนชุดข้อมูลและคำถาม

fibrosis_experiment

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ภาพรวมของการวิเคราะห์ DE

DESeq2 workflow

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

DESeq2 workflow - model

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

DESeq2 workflow: โมเดล

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

deseq object

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

DESeq2 workflow: สูตรการออกแบบ

example_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

DESeq2 workflow: สูตรการออกแบบ

example_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

DESeq2 workflow: การรันการวิเคราะห์

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

DESeq object

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

มาฝึกกันเถอะ!

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

Preparing Video For Download...