ขั้นตอน RNA-Seq

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

ขั้นตอน RNA-Seq: การออกแบบการทดลอง

  biological replicates

  • Technical replicates: ความแปรปรวนทางเทคนิคมักต่ำมาก จึงไม่จำเป็น

  • Biological replicates: สำคัญมากต่อความสำเร็จของการวิเคราะห์ differential expression ใน RNA-Seq ยิ่งมีจำนวน replicates มากยิ่งดี แต่ควรมีอย่างน้อย 3 ตัวอย่าง

  • Batch effects: หลีกเลี่ยงให้มากที่สุด และบันทึกตัวแปรทดลองทั้งหมดไว้

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

workflow

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

การเตรียมตัวอย่าง RNA-Seq

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

QC

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ขั้นตอน RNA-Seq: การควบคุมคุณภาพ

คุณภาพของลำดับ

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

Alignment

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ขั้นตอน RNA-Seq: การจัดเรียงลำดับ

การจัดเรียงลำดับกับจีโนม

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

Quantitation

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ขั้นตอน RNA-Seq: Count matrix

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Count matrix

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ขั้นตอนทั้งหมด

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ตัวอย่างผลลัพธ์

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ขั้นตอนทั้งหมด

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

มาฝึกกันเถอะ!

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

Preparing Video For Download...