การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

ตัวอย่าง PCA

การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA): ทฤษฎี

pca 2 ตัวอย่าง

การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA): ทฤษฎี

pc2

การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA): ทฤษฎี

อิทธิพลของ PC

การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA): ทฤษฎี

อิทธิพลของ PCA

การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA): ทฤษฎี

อิทธิพลของ PCA

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5

ค่าตัวอย่าง PCA

ตัวอย่าง PCA

การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA): ทฤษฎี

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

มาฝึกกันเถอะ!

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R