Робочий процес RNA-Seq

RNA-Seq з Bioconductor у R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Робочий процес RNA-Seq: дизайн експерименту

  біологічні реплікати

  • Технічні реплікати: Зазвичай низька технічна варіабельність, тож не потрібні.

  • Біологічні реплікати: Критично важливі для аналізу диференційної експресії в RNA-Seq. Чим більше, тим краще, але мінімум 3.

  • Партійні ефекти (batch effects): Максимально уникайте та фіксуйте всі експериментальні змінні.

RNA-Seq з Bioconductor у R

робочий процес

RNA-Seq з Bioconductor у R

підготовка RNA-Seq

RNA-Seq з Bioconductor у R

контроль якості

RNA-Seq з Bioconductor у R

Робочий процес RNA-Seq: контроль якості

якість зчитувань

RNA-Seq з Bioconductor у R

вирівнювання

RNA-Seq з Bioconductor у R

Робочий процес RNA-Seq: вирівнювання

вирівнювання до геному

RNA-Seq з Bioconductor у R

квантифікація

RNA-Seq з Bioconductor у R

Робочий процес RNA-Seq: матриця відліків

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

матриця відліків

RNA-Seq з Bioconductor у R

повний робочий процес

RNA-Seq з Bioconductor у R

приклад результатів

RNA-Seq з Bioconductor у R

повний робочий процес

RNA-Seq з Bioconductor у R

Тепер ваша черга!

RNA-Seq з Bioconductor у R

Preparing Video For Download...