Objekt och etiketter

Biomedicinsk bildanalys i Python

Stephen Bailey

Instructor

Segmentering delar upp en bild i delar

cellsegmentering

hjärnsegmentering

Sunnybrook Cardiac Database

Ejektionsfraktion: andelen blod som pumpas ut från hjärtats vänstra kammare (LV).

illustration av ejektionsfraktion

Hjärtbild

Märkning av bildkomponenter

2D-mask för hjärta

Märkning av bildkomponenter

import scipy.ndimage as ndi
im=imageio.imread('SCD4201-2d.dcm')
filt=ndi.gaussian_filter(im, 
                         sigma=2)
mask = filt > 150

labels, nlabels = ndi.label(mask)

nlabels

plt.imshow(labels, cmap='rainbow')
plt.axis('off')
plt.show()

märkta celler

Val av etikett

Välj en enskild etikett i bilden:

np.where(labels == 1, im, 0)

En etikett

Välj flera etiketter i bilden:

np.where(labels < 3, im, 0)

Två etiketter

Objektextraktion

Begränsningsram: det pixelområde som helt omsluter ett objekt
ndi.find_objects() returnerar en lista med koordinater för begränsningsramar

märkt bild med begränsningsramar

Objektextraktion

labels, nlabels = ndi.label(mask)
boxes = ndi.find_objects(labels)

boxes[0]

(slice(116,139), slice(120, 141))

flera bildrutor

Nu kör vi en övning!

Biomedicinsk bildanalys i Python