Filter

Biomedicinsk bildanalys i Python

Stephen Bailey

Instructor

Filter

Exempel på filtrerade bilder

Konvolution med ett skärpningsfilter

konvolutionsexempel

Konvolution med ett skärpningsfilter

konvolutionsresultat

Av Michael Plotke - Eget verk, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=24288958

Bildkonvolution

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi

im=imageio.imread('foot-xray.jpg')

weights = [[.11,  .11, .11],
           [.11,  .12, .11],
           [.11,  .11, .11]]

im_filt = ndi.convolve(im, weights)

fig, axes = plt.subplots(2, 1)
axes[0].imshow(im, cmap='gray')
axes[1].imshow(im_filt,cmap='gray')
plt.imshow()

utjämnad röntgenbild av fot

Filterfunktioner

scipy.ndimage.filters innehåller:

median_filter()
uniform_filter()
maximum_filter()
percentile_filter()

ndi.median_filter(im, size=10)

fot-median

Gaussisk filtrering

Gaussisk fördelning i 1 dimension Gaussisk fördelning 1D

ndi.gaussian_filter(im, sigma=5)

Oskärpa vid sigma = 5

Gaussisk fördelning i 2 dimensioner Av Kghose på engelskspråkiga Wikipedia, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=2550031

ndi.gaussian_filter(im, sigma=10)

Oskärpa vid sigma = 10

Nu kör vi en övning!

Biomedicinsk bildanalys i Python