Вимірювання інтенсивності

Біомедична обробка зображень у Python

Stephen Bailey

Instructor

Вимірювання інтенсивності

Маємо такі мітки для одного об'єму часової серії серця:

Лівий шлуночок
Центральна частина

зображення серця у 2D з мітками

Функції

`scipy.ndimage.measurements`

ndi.mean()

ndi.median()

ndi.sum()

ndi.maximum()

ndi.standard_deviation()

ndi.variance()

Функції застосовуються по всіх вимірах, за потреби для вказаних міток.

Власні функції:

ndi.labeled_comprehension()

Виклик функцій вимірювання

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi
vol=imageio.volread('SCD-3d.npz')
label=imageio.volread('labels.npz')

# Усі пікселі
ndi.mean(vol)

3.7892

# Пікселі з мітками
ndi.mean(vol, label)

89.2342

# Мітка 1
ndi.mean(vol, label, index=1)

163.2930

# Мітки 1 і 2
ndi.mean(vol, label, index=[1,2])

[163.2930, 60.2847]

Гістограми об'єктів

hist=ndi.histogram(vol, min=0, max=255, bins=256)

obj_hists=ndi.histogram(vol, 0, 255, 256, 
                        labels, index=[1, 2])
len(obj_hists)

Гістограми об'єктів

plt.plot(obj_hists[0], 
   label='Left ventricle')
plt.plot(obj_hists[1], 
   label='Other labelled pixels')
plt.legend()
plt.show()

графік гістограм

Гістограми з кількома типами тканин матимуть кілька піків
Гістограми добре сегментованої тканини часто нагадують нормальний розподіл

Давайте потренуємось!

Біомедична обробка зображень у Python