Nätverksvisualisering

Introduktion till nätverksanalys i Python

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Irrationella vs. rationella visualiseringar

Två representationer av stora grafer. I båda fallen är grafernas struktur rörig, som ett hårboll, vilket gör dem svåra att tolka.

Visualisera nätverk

Matrisplottar
Bågplottar
Circosplottar

Visualisera nätverk

Matrisplottar
Bågplottar
Circosplottar

Matrisplott

En 3 gånger 3-matris med kolumnnamnen A, B och C samt radnamnen A, B och C. Celler är skuggade svart där noderna i motsvarande graf är sammankopplade. Bredvid visas en graf med tre noder märkta A, B och C. A och B är sammankopplade, och A och C är sammankopplade, men B och C är inte direkt sammankopplade.

Matrisplott

Samma matris och graf som tidigare, men nu är matrisens diagonalt skuggad grå.

Matrisplott

Samma matris och graf som tidigare, men nu är cellerna (A, B) och (B, A) skuggade gula. Kanten i grafen mellan noderna A och B är också gulfärgad.

Matrisplott

Samma matris och graf som tidigare, men nu är cellerna (A, C) och (C, A) skuggade gula. Kanten i grafen mellan noderna A och C är också gulfärgad.

Riktade matriser

ch1-3.012.png

Visualisera nätverk

Matrisplottar
Bågplottar
Circosplottar

Bågplott

Två grafer med tre noder vardera. Båda graferna har noder märkta A, B och C, med kanter mellan A och B samt mellan A och C. Den första grafen placerar noderna på en linje och använder böjda linjer för kanterna. Den andra grafen placerar noderna i ett plan och använder raka linjer för kanterna.

Visualisera nätverk

Matrisplottar
Bågplottar
Circosplottar

Circosplott

ch1-3.018.png

Circosplott

Två grafer med sex noder vardera. Den vänstra plottten placerar noderna i en cirkel och använder cirkulära bågar för kanterna. Den högra plottten placerar noderna slumpmässigt och använder raka linjer för kanterna.

nxviz API

import nxviz as nv
import matplotlib.pyplot as plt

ap = nv.arc(G)

plt.show()

Nu kör vi en övning!

Introduktion till nätverksanalys i Python