Plotta Poisson-regression

Generaliserade linjära modeller i R

Richard Erickson

Instructor

När du ska använda geom_smooth med Poisson

Fungerar bäst med kontinuerliga prediktorvariabler
t.ex. ökande dos och antal cancerceller per cm$^2$
Annars, använd boxplot eller liknande visualiseringsverktyg

Cancerceller – dosstudie

Simulera data
Dos-respons
- x: Dos
- y: Antal cancerceller per cm$^2$

Plotta punkter

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
    geom_point()

ggplot med punkter

Jittra punkter

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)

Exempel på jittrade punkter med ggplot2.

geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth()

Exempel på standard geom_smooth() ovanpå jittrade punkter

GLM:er med geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth(method = 'glm')

Exempel på GLM med geom_smooth() och standard-GLM, en LM

Poisson-GLM med geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05) +
   geom_smooth(method = 'glm', method.args = list(family = 'poisson'))

Exempel på en Poisson-regressionsplot

Sammanfattning av stegen

Plotta punkter utan överlappning
Lägg till Poisson-trendlinje
Förfina figuren (görs inte här)

Nu kör vi en övning!

Generaliserade linjära modeller i R