Visualisering och prediktion med Weibull-modellen

Överlevnadsanalys i Python

Shae Wang

Senior Data Scientist

.plot()

Returnerar ett diagram med koefficienter och deras intervall från 95%-konfidensintervallen.

aft.plot()
plt.show()

Exempeldiagram:

sample_covariate_plot

Returnerar ett diagram som jämför den grundläggande överlevnadskurvan med vad som händer när kovariater varieras över olika värden.

aft.plot_partial_effects_on_outcome(covariates, values)
plt.show()

sample_partial_effects_plot

.plot_partial_effects_on_outcome()

covariates (sträng eller lista): kovariate(r) i originaldatamängden som ska varieras.
values (1d- eller 2d-itererbar): de värden som kovariaten ska anta.
Grundläggande överlevnadskurva: predikterad överlevnadskurva vid alla genomsnittsvärden i originaldatamängden.

aft.plot_partial_effects_on_outcome(
  covariates='var', 
  values=[0, 3, 6, 9, 12, 15]
)
plt.show()

partial effects plot for weibull model

Hårdkodade värden:

aft.plot_partial_effects_on_outcome(
  covariates='a', 
  values=[0, 3, 6]
)

Använd en intervallfunktion:

aft.plot_partial_effects_on_outcome(
  covariates='a', 
  values=np.arange(10)
)

Flera kovariater:

aft.plot_partial_effects_on_outcome(
  covariates=['a','b'], 
  values=[[1,2],[1,3],[2,3]]
)

Eget formeluttryck:
- Nödvändiga transformationer (interaktioner, one-hot-kodning m.m.) utförs internt och automatiskt.

DataFrame-exempel: mortgage_df

id	house	principal	interest	property_tax	credit score	duration	paid_off
1	1	1275	0.035	0.019	780	25	0
2	0	756	0.028	0.020	695	17	1
3	0	968	0.029	0.017	810	5	0
...	...	...	...	...	...	...	...
1000	1	1505	0.041	0.023	750	30	1

aft.plot_partial_effects_on_outcome(
    covariates='credit score',
    values=np.arange(700, 860, 30)
)
plt.show()

partial effects plot for mortgage_df

Predikterar överlevnadsfunktioner för individer baserat på kovariatvärden.

.predict_survival_function()

Argument:

X (np-array eller DataFrame): kovariater. Om en DataFrame används kan kolumnerna stå i valfri ordning.

Predikterar medianöverlevnadstider för individer baserat på kovariatvärden.

.predict_median()

Argument:

df (np-array eller DataFrame): kovariater. Om en DataFrame används kan kolumnerna stå i valfri ordning.

Predikterar överlevnadsfunktion eller medianöverlevnadstid villkorligt efter aktuell varaktighet.

Exempel:

aft.predict_median(new_subject)

4.0

aft.predict_median(new_subject, conditional_after=[2])

2.0

Överlevnadsanalys i Python