Візуалізація взаємодій у GAM

Нелінійне моделювання за допомогою узагальнених адитивних моделей (GAM) в R

Noam Ross

Senior Research Scientist, EcoHealth Alliance

Використання plot() з пакета mgcv для взаємодій.

plot(mod_2d)

Використання plot() з пакета mgcv для взаємодій

plot(mod_2d, scheme = 1)

Використання plot() з пакета mgcv для взаємодій

plot(mod_2d, scheme = 2)

Налаштування графіків взаємодій за допомогою vis.gam()

vis.gam(x,
        view = NULL,
        cond = list(),
        n.grid = 30,
        too.far = 0,
        col = NA,
        color = "heat",
        contour.col = NULL,
        se = -1,
        type = "link",
        plot.type = "persp",
        zlim = NULL,
        nCol = 50,
        ...)

Налаштування графіків взаємодій за допомогою vis.gam()

vis.gam(x = mod,                # об'єкт GAM
        view = c("x1", "x2"),   # змінні
        plot.type = "persp")    # тип графіка

Налаштування графіків взаємодій за допомогою vis.gam() (2)

vis.gam(x = mod,                # об'єкт GAM
        view = c("x1", "x2"),   # змінні
        plot.type = "contour")  # тип графіка

Налаштування графіків взаємодій за допомогою vis.gam()

vis.gam(mod, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour", too.far = 0.1)
vis.gam(mod, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour", too.far = 0.05)

Параметри для обʼємних графіків

vis.gam(x = mod, view = c("x1", "x2"), 
        plot.type = "persp", se = 2)

Параметри для обʼємних графіків

vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "persp", 
                                 theta = 220)
vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "persp", 
                                 phi = 55)
vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "persp", 
                                 r = 0.1)

Параметри для контурних графіків

vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour",
                                 color = "gray")
vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour",
                                 contour.col = "blue")
vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour",
                                 nlevels = 20)

А тепер побудуймо кілька графіків!

Нелінійне моделювання за допомогою узагальнених адитивних моделей (GAM) в R