ตรวจสอบผลลัพธ์

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

John Blischak

Instructor

ตรวจสอบผลลัพธ์

# Create a Venn diagram
vennDiagram(results)

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ฮิสโตแกรมของ p-values

  • ฟังก์ชัน topTable ของ limma

  • ระบุ contrast

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

Volcano plot

  • ฟังก์ชัน volcanoplot ของ limma

  • แกน x: log-fold change ของการแสดงออกระหว่างกลุ่มที่เปรียบเทียบ

  • แกน y: log odds ของ differential expression

  • ระบุ contrast เช่น coef = "dox_wt"

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

การทดสอบ KEGG enrichment

  • ฟังก์ชัน kegga และ topKEGG ของ limma

  • ระบุ contrast เช่น coef = "dox_wt"

  • ระบุสปีชีส์หนูด้วย species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

มาฝึกกันเถอะ!

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

Preparing Video For Download...