Pre-process the data

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

John Blischak

Instructor

กลไกการเกิด cardiotoxicity จาก doxorubicin

การออกแบบ 2x2 เพื่อศึกษากลไกของ doxorubicin:
- 2 จีโนไทป์: wild type (wt), Top2b null (top2b)
- 2 การรักษา: PBS (pbs), doxorubicin (dox)
- Zhang et al. 2012

dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R