Перевірте результати

Аналіз диференційної експресії з limma в R

John Blischak

Instructor

Перевірте результати

# Створіть діаграму Венна
vennDiagram(results)

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Гістограми p-значень

  • функція limma topTable

  • Вкажіть контраст

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Вулкан-плот

  • функція limma volcanoplot

  • Вісь x: логарифм зміни експресії між контрастованими групами

  • Вісь y: логарифм шансів диференційної експресії

  • Вкажіть контраст, напр., coef = "dox_wt"

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Перевірка збагачення KEGG

  • функції limma kegga та topKEGG

  • Вкажіть контраст, напр., coef = "dox_wt"

  • Вкажіть вид миші через species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
Аналіз диференційної експресії з limma в R

Давайте потренуємось!

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Preparing Video For Download...