Попередньо обробіть дані

Аналіз диференційної експресії з limma в R

John Blischak

Instructor

Механізм кардіотоксичності, індукованої доксорубіцином

Дизайн 2×2 для вивчення механізму доксорубіцину:
- 2 генотипи: дикий тип (wt), нульовий Top2b (top2b)
- 2 обробки: PBS (pbs), доксорубіцин (dox)
- Zhang та ін., 2012

dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")

Аналіз диференційної експресії з limma в R