Introduktion till differentiell bindning

ChIP-seq med Bioconductor i R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq med Bioconductor i R

Jämföra sampel

  • Två grupper av sampel: primär och behandlingsresistent tumör.

Frågor vi vill besvara:

  • Är sampel från samma grupp generellt sett lika?
  • Skiljer sig sampel från olika grupper åt?
  • Vad består dessa skillnader av?
ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

PCA-diagram för ChIP-seq-data

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq med Bioconductor i R

Hierarkisk klustring

Beräkna avstånd mellan sampel

distance <- dist(t(coverage))

Skapa dendrogram

dendro <- hclust(distance)

Rita dendrogram

plot(dendro)
ChIP-seq med Bioconductor i R

Heatmaps

Skapa heatmap från täckningsdata för toppar

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

ChIP-seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...