Vad är ChIP-seq?

ChIP-seq med Bioconductor i R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

Data

  • Patienter med prostatacancer
    • 5 primärtumörprover
    • 3 behandlingsresistenta prover
  • ChIP riktat mot androgenreceptorn
  • AR aktiveras när testosteron binder
  • Aktiverat AR reglerar genuttrycket hos målgener
ChIP-seq med Bioconductor i R

Åtkomst till ChIP-seq-data i R

  • Läsa in BAM-filer
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Hämta läskoordinater
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Beräkna täckning
coverage(reads)
ChIP-seq med Bioconductor i R

Åtkomst till toppanrop

  • Läsa in BED-filer
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Hämta toppkoordinater
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Extrahera toppvärden
score(peaks)
ChIP-seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

ChIP-seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...