ChIP-seq – genomgång

ChIP-seq med Bioconductor i R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Genomgång: Importera data

Läs in peak calls

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Skapa ett BamViews-objekt

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Läs in reads

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq med Bioconductor i R

Genomgång: Visualisera ChIP-seq-data

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

Genomgång: Differentiell bindning

ChIP-seq med Bioconductor i R

Genomgång: Berikning­sanalys

ChIP-seq med Bioconductor i R

Nästa steg

ChIP-seq med Bioconductor i R

Bra jobbat!

ChIP-seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...