Rensning av ChIP-seq-data

ChIP-seq med Bioconductor i R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Vanliga problem

Felaktigt mappade läsningar kan ge falska toppar.

  • Genomiska upprepningar.

ChIP-seq med Bioconductor i R

Vanliga problem

Felaktigt mappade läsningar kan ge falska toppar.

  • Genomiska upprepningar.

  • Ofullständig referenssekvens.

ChIP-seq med Bioconductor i R

Vanliga problem

Felaktigt mappade läsningar kan ge falska toppar.

  • Genomiska upprepningar.

  • Ofullständig referenssekvens.

  • Lågkomplexitetsregioner.

ChIP-seq med Bioconductor i R

ChIP-seq med Bioconductor i R

Amplifieringsbias

  • DNA-fragment från celler kopieras flera gånger innan sekvensering.
  • Inte alla fragment ger samma antal kopior.
  • Flera kopior av samma fragment kan sekvenseras.
  • Ett enda DNA-fragment kan blåsa upp täckning och ge felaktiga toppanrop.
ChIP-seq med Bioconductor i R

Kvalitetskontrollrapporter

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

ChIP-seq med Bioconductor i R

Förbereda indatafiler

SampleID Factor Condition Tissue Treatment bamReads Peaks PeakCaller
S1 AR primär primär prostatacancer gleason score: 3+4=7 S1.bam S1.bed macs
S2 AR primär primär prostatacancer gleason score: 3+4=7 S2.bam S2.bed macs
... ... ... ... ... ... ... ...
ChIP-seq med Bioconductor i R

Rensning av data

  • Ta bort dubblettläsningar.
  • Ta bort läsningar med flera träffar.
  • Ta bort läsningar med låg mappningskvalitet.
  • Ta bort toppar i svartlistade regioner.
ChIP-seq med Bioconductor i R

Rensning av data

  • Ta bort dubblettläsningar.
  • Ta bort läsningar med flera träffar.
  • Ta bort läsningar med låg mappningskvalitet.
  • Ta bort toppar i svartlistade regioner.
ChIP-seq med Bioconductor i R

Rensning av data

  • Ta bort dubblettläsningar.
  • Ta bort läsningar med flera träffar.
  • Ta bort läsningar med låg mappningskvalitet.
  • Ta bort toppar i svartlistade regioner.
    • Svartlistade regioner finns tillgängliga från ENCODE-projektet.
ChIP-seq med Bioconductor i R

Nu kör vi en övning!

ChIP-seq med Bioconductor i R

Preparing Video For Download...