การจับจำเพาะแบบ Differential Binding

ChIP-seq with Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq with Bioconductor in R

การเปรียบเทียบตัวอย่าง

  • สองกลุ่มตัวอย่าง: เนื้องอกปฐมภูมิ และเนื้องอกที่ดื้อต่อการรักษา

คำถามที่ต้องการหาคำตอบ:

  • ตัวอย่างในกลุ่มเดียวกันมีความคล้ายคลึงกันหรือไม่?
  • ตัวอย่างจากต่างกลุ่มมีความแตกต่างกันหรือไม่?
  • ความแตกต่างนั้นคืออะไร?
ChIP-seq with Bioconductor in R

ChIP-seq with Bioconductor in R

ChIP-seq with Bioconductor in R

ChIP-seq with Bioconductor in R

ChIP-seq with Bioconductor in R

กราฟ PCA สำหรับข้อมูล ChIP-seq

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq with Bioconductor in R

Hierarchical Clustering

คำนวณระยะห่างระหว่างตัวอย่าง

distance <- dist(t(coverage))

สร้าง Dendrogram

dendro <- hclust(distance)

พล็อต Dendrogram

plot(dendro)
ChIP-seq with Bioconductor in R

Heatmap

สร้าง Heatmap จากข้อมูล Coverage ของ Peak

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq with Bioconductor in R

มาฝึกกันเถอะ!

ChIP-seq with Bioconductor in R

Preparing Video For Download...