ChIP-seq คืออะไร?

ChIP-seq with Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq with Bioconductor in R

ChIP-seq with Bioconductor in R

ChIP-seq with Bioconductor in R

ChIP-seq with Bioconductor in R

ChIP-seq with Bioconductor in R

ข้อมูลที่ใช้

  • ผู้ป่วยมะเร็งต่อมลูกหมาก
    • ตัวอย่างเนื้องอกปฐมภูมิ 5 ราย
    • ตัวอย่างที่ดื้อต่อการรักษา 3 ราย
  • ChIP ที่กำหนดเป้าหมาย Androgen Receptor
  • AR ถูกกระตุ้นโดยการจับกับเทสโทสเตอโรน
  • AR ที่ถูกกระตุ้นจะควบคุมการแสดงออกของยีนเป้าหมาย
ChIP-seq with Bioconductor in R

การเข้าถึงข้อมูล ChIP-seq ใน R

  • โหลดไฟล์ BAM
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • ดึงพิกัดของ read
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • คำนวณ coverage
coverage(reads)
ChIP-seq with Bioconductor in R

การเข้าถึงข้อมูล peak calls

  • โหลดไฟล์ BED
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • ดึงพิกัดของ peak
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • ดึงคะแนน peak
score(peaks)
ChIP-seq with Bioconductor in R

มาฝึกกันเถอะ!

ChIP-seq with Bioconductor in R

Preparing Video For Download...