การนำเข้าข้อมูล

ChIP-seq with Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq with Bioconductor in R

การจัดการ sequence reads

  • โดยทั่วไปจะเก็บในไฟล์รูปแบบ Binary Sequence Alignment/Map (BAM)
  • ฟิลด์ในระเบียน BAM:
    • ชื่อ read: SRR1782620.7265769
    • Binary flag: 0
    • ชื่อและตำแหน่งของลำดับอ้างอิงในการ alignment: chr20 29803915
    • คุณภาพการ mapping: 0
    • CIGAR string (สรุปการ alignment): 51M
    • ลำดับอ้างอิงและตำแหน่งของ read คู่ (ไม่ใช้ที่นี่): 0 0
    • ลำดับ read: AATGAAATGGAA ...
    • คุณภาพ read (เข้ารหัส ASCII): CCCFFFFFHHHH ...
ChIP-seq with Bioconductor in R

การนำเข้า mapped reads เข้าสู่ R

  • ใช้แพ็กเกจ Rsamtools สำหรับการทำงานกับไฟล์ BAM
  • Rsamtools มีฟังก์ชันสำหรับการ index, อ่าน, กรอง และเขียนไฟล์ BAM

ใช้ readGAlignments เพื่อนำเข้า mapped reads

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

คืนค่าเป็นออบเจกต์ GAlignments

ChIP-seq with Bioconductor in R

การนำเข้าบริเวณที่เลือก

  • ใช้ BamViews เพื่อกำหนดบริเวณที่สนใจ
library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)
  • จากนั้นนำเข้า reads ตามปกติ
reads <- readGAlignments(views)

ฟังก์ชัน BamViews รองรับไฟล์ BAM หลายไฟล์

ChIP-seq with Bioconductor in R

การนำเข้า peak calls

ใช้ import.bed เพื่อโหลด peak calls จากไฟล์ BED

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

ใช้ peaks เพื่อกำหนด views เข้าสู่ไฟล์ BAM

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)
ChIP-seq with Bioconductor in R

มาฝึกกันเถอะ!

ChIP-seq with Bioconductor in R

Preparing Video For Download...