ทบทวน ChIP-seq

ChIP-seq with Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ทบทวน: การนำเข้าข้อมูล

โหลด peak calls

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

สร้างออบเจกต์ BamViews

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

โหลด reads

reads <- readGAlignments(bam_views)

ทบทวน: การแสดงผลข้อมูล ChIP-seq

ทบทวน: Differential Binding

ทบทวน: การวิเคราะห์ Enrichment

ก้าวต่อไป

ถึงเวลาฝึกด้วยตัวเองแล้ว!
ค้นหาชุดข้อมูลได้ที่ GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
ข้อมูลที่ใช้ในคอร์สนี้อยู่ภายใต้ accession GSE65478
เว็บไซต์ Bioconductor: https://bioconductor.org/
Bioconductor support: https://support.bioconductor.org/

ยอดเยี่ยมมาก!

ChIP-seq with Bioconductor in R

Preparing Video For Download...