Вступ до диференційного зв'язування

ChIP-seq з Bioconductor у R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq з Bioconductor у R

Порівняння зразків

  • Дві групи зразків: первинна пухлина та резистентна до лікування.

Запитання, на які хочемо відповісти:

  • Чи є зразки в межах однієї групи зазвичай подібними?
  • Чи відрізняються зразки з різних груп?
  • У чому полягають ці відмінності?
ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

Графіки PCA для даних ChIP-seq

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq з Bioconductor у R

Ієрархічне кластеризування

Обчисліть відстані між зразками

distance <- dist(t(coverage))

Створіть дендрограму

dendro <- hclust(distance)

Побудуйте дендрограму

plot(dendro)
ChIP-seq з Bioconductor у R

Теплокарти

Створіть теплокарту з покриття для піків

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq з Bioconductor у R

Давайте потренуємось!

ChIP-seq з Bioconductor у R

Preparing Video For Download...