Що таке ChIP-seq?

ChIP-seq з Bioconductor у R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

Дані

  • Пацієнти з раком простати
    • 5 зразків первинної пухлини
    • 3 зразки з резистентністю до лікування
  • ChIP націлено на Androgen Receptor
  • AR активується зв'язуванням тестостерону
  • Активований AR регулює експресію цільових генів
ChIP-seq з Bioconductor у R

Доступ до даних ChIP-seq в R

  • Завантаження файлів BAM
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Отримання координат рідів
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Обчислення покриття
coverage(reads)
ChIP-seq з Bioconductor у R

Доступ до peak calls

  • Завантаження файлів BED
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Отримання координат піків
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Витяг оцінок піків
score(peaks)
ChIP-seq з Bioconductor у R

Давайте потренуємось!

ChIP-seq з Bioconductor у R

Preparing Video For Download...