Імпорт даних

ChIP-seq з Bioconductor у R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq з Bioconductor у R

Опрацювання рідів послідовностей

  • Зазвичай зберігаються у файлах формату Binary Sequence Alignment/Map (BAM).
  • Поля запису BAM:
    • Назва ріду: SRR1782620.7265769
    • Бінарний прапорець: 0
    • Назва референсної послідовності та позиція вирівнювання: chr20 29803915
    • Якість мепінгу: 0
    • Рядок CIGAR (підсумок вирівнювання): 51M
    • Референсна послідовність і позиція парного ріду (не використовується тут): 0 0
    • Послідовність ріду: AATGAAATGGAA ...
    • Якість ріду (кодування ASCII): CCCFFFFFHHHH ...
ChIP-seq з Bioconductor у R

Імпорт замеплених рідів у R

  • Використовуйте пакет Rsamtools для роботи з файлами BAM.
  • Rsamtools надає функції для індексування, читання, фільтрування та запису BAM-файлів.

Скористайтеся readGAlignments, щоб імпортувати замеплені ріди.

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

Повертає об'єкт GAlignments.

ChIP-seq з Bioconductor у R

Імпорт вибраних областей

  • Скористайтеся BamViews, щоб визначити області інтересу.
library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)
  • Потім імпортуйте ріди як раніше.
reads <- readGAlignments(views)

Функція BamViews підтримує кілька BAM-файлів.

ChIP-seq з Bioconductor у R

Імпорт викликів піків

Використовуйте import.bed, щоб завантажити піки з файлу BED.

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

Використовуйте peaks, щоб визначити перегляди для BAM-файлів.

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)
ChIP-seq з Bioconductor у R

Давайте потренуємось!

ChIP-seq з Bioconductor у R

Preparing Video For Download...