Огляд ChIP-seq

ChIP-seq з Bioconductor у R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Огляд: імпорт даних

Завантажте пікові виклики

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Створіть об'єкт BamViews

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Завантажте ріди

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq з Bioconductor у R

Огляд: візуалізація даних ChIP-seq

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

Огляд: диференційне зв'язування

ChIP-seq з Bioconductor у R

Огляд: аналіз збагачення

ChIP-seq з Bioconductor у R

Рухаємося далі

ChIP-seq з Bioconductor у R

Чудова робота!

ChIP-seq з Bioconductor у R

Preparing Video For Download...