Очищення даних ChIP-seq

ChIP-seq з Bioconductor у R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Поширені проблеми

Неправильно відображені ріди можуть давати хибні піки.

  • Геномні повтори.

ChIP-seq з Bioconductor у R

Поширені проблеми

Неправильно відображені ріди можуть давати хибні піки.

  • Геномні повтори.

  • Неповна референтна послідовність.

ChIP-seq з Bioconductor у R

Поширені проблеми

Неправильно відображені ріди можуть давати хибні піки.

  • Геномні повтори.

  • Неповна референтна послідовність.

  • Ділянки низької складності.

ChIP-seq з Bioconductor у R

ChIP-seq з Bioconductor у R

Упередженість ампліфікації

  • Фрагменти ДНК, вилучені з клітин, перед секвенуванням багаторазово копіюються.
  • Не всі фрагменти дають однакову кількість копій.
  • Можна секвенувати кілька копій того самого фрагмента.
  • Один фрагмент ДНК може завищити покриття й спричинити хибні піки.
ChIP-seq з Bioconductor у R

Звіти контролю якості

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

ChIP-seq з Bioconductor у R

Підготовка вхідних файлів

SampleID Factor Condition Tissue Treatment bamReads Peaks PeakCaller
S1 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S1.bam S1.bed macs
S2 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S2.bam S2.bed macs
... ... ... ... ... ... ... ...
ChIP-seq з Bioconductor у R

Очищення даних

  • Видаліть дублікати рідів.
  • Видаліть ріди з кількома вирівнюваннями.
  • Видаліть ріди з низькою якістю вирівнювання.
  • Видаліть піки в заблокованих ділянках.
ChIP-seq з Bioconductor у R

Очищення даних

  • Видаліть дублікати рідів.
  • Видаліть ріди з кількома вирівнюваннями.
  • Видаліть ріди з низькою якістю вирівнювання.
  • Видаліть піки в заблокованих ділянках.
ChIP-seq з Bioconductor у R

Очищення даних

  • Видаліть дублікати рідів.
  • Видаліть ріди з кількома вирівнюваннями.
  • Видаліть ріди з низькою якістю вирівнювання.
  • Видаліть піки в заблокованих ділянках.
    • Заблоковані ділянки доступні в проєкті ENCODE.
ChIP-seq з Bioconductor у R

Давайте потренуємось!

ChIP-seq з Bioconductor у R

Preparing Video For Download...